Στο Τμήμα Μουσικών Σπουδών λειτουργούν τα ακόλουθα έξι (6) Εργαστήρια:

α) το Εργαστήριο Μελέτης της Ελληνικής Μουσικής (ΦΕΚ 441/24-2-2016, τ. Β΄), το οποίο εντάσσεται στον Τομέα Ιστορικής και Συστηματικής Μουσικολογίας. Διευθυντής Εργαστηρίου: αναπλ. Καθηγητής Πύρρος Μπαμίχας.

β) το Εργαστήριο Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας (ΦΕΚ 609/25-4-2007, τ. Β΄), το οποίο εντάσσεται στον Τομέα Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας. Διευθυντής Εργαστηρίου: Καθηγητής Παύλος Κάβουρας.

γ) το Εργαστήριο Μουσικής Ακουστικής Τεχνολογίας (ΦΕΚ 937/23-6-2004, τ. Β΄), το οποίο εντάσσεται στον Τομέα Τεχνολογίας Ήχου, Μουσικοπαιδαγωγικών και Βυζαντινής Μουσικολογίας. Διευθύντρια Εργαστηρίου: αναπλ. Καθηγήτρια Αναστασία Γεωργάκη.

δ) το Εργαστήριο Μουσικής Παιδαγωγικής (ΦΕΚ 441/24-2-2016, τ. Β΄), το οποίο εντάσσεται στον Τομέα Τεχνολογίας Ήχου, Μουσικοπαιδαγωγικών και Βυζαντινής Μουσικολογίας. Διευθύντρια Εργαστηρίου: Καθηγήτρια Σμαρώ Χρυσοστόμου.

ε) το Εργαστήριο Βυζαντινής Μουσικολογίας (ΦΕΚ 441/24-2-2016, τ. Β΄), το οποίο εντάσσεται στον Τομέα Τεχνολογίας Ήχου, Μουσικοπαιδαγωγικών και Βυζαντινής Μουσικολογίας. Διευθυντής Εργαστηρίου: Καθηγητής Αχιλλέας Χαλδαιάκης.

ς) το Εργαστήριο Μουσικής, Γνωσιακών Επιστημών και Κοινότητας (ΦΕΚ 937/23-6-2004, τ. Β΄), το οποίο εντάσσεται στον Τομέα Τεχνολογίας Ήχου, Μουσικοπαιδαγωγικών και Βυζαντινής Μουσικολογίας. Διευθύντρια Εργαστηρίου: αναπλ. Καθηγήτρια Χριστίνα Αναγνωστοπούλου.